Sin embargo, las prácticas agrícolas durante la producción de cultivos, procesado de alimentos, y el mercadeo de productos generan gases de efecto invernadero (greenhouse gasses, GHG) que contribuyen al cambio climático global (Gan et al. 2011). Una gran proporción de la emisión desde las prácticas agropecuarias es el óxido nitroso (N2O) (Janzen et al. 2006), un gas con aproximadamente 300 veces mayor potencial de calentamiento global que el CO2 (Forster et al. 2007). Hay una creciente aceptación que las ganancias en producción tienen que lograrse utilizando métodos sustentables de producción para que su impacto sobre la naturaleza sea reducido. La intensificación agrícola, entre otras definiciones, es producir más a partir de la misma superficie de tierra reduciendo impactos negativos al ambiente y al mismo tiempo incrementando las contribuciones al capital natural y el flujo de servicios medioambientales (Petty et al. 2011).
Los productores también conocen que hay un interés creciente de los consumidores en producción sustentable y los efectos que esta puede tener en el comercio de productos agrícolas. Por ejemplo, “Pulse Canada” (una agrupación de productores canadienses delegumbres) considera que la industria agrícola canadiense necesita desarrollar planes para responder a las demandas de sustentabilidad. “Los consumidores son cada vez más curiosos en cómo sus alimentos son producidos. Quieren conocer como se está produciendo en una forma sustentable. Esto ha llevado a las compañías productoras de alimentos a comprender y comunicar más detalles sobre sus cadenas de abastecimiento” (Denis Tremorin, director de sustentabilidad con legumbres en Western Producer 2012).
Los inoculantes, al mejorar la fertilidad biológica y los rendimientos pueden utilizarse para incrementar la sustentabilidad de la producción agrícola. Estos contienen microorganismos que aportan a mejorar los rendimientos o ayudan a los cultivos a capturar nutrientes, por ejemplo nitrógeno y fosforo. Estos productos, inoculantes o también conocidos como fertilizantes biológicos, incluyen rizobios y otros organismos que aportan fijación biológica de nitrógeno (FBN), inoculantes fosfatados u otros y en general microorganismos mejoradores del rendimiento. Los biofertilizantes que incluyen Rhizobium, Azotobacter, Azosprillum, algas verde-azuladas (blue green algae, BGA), azolla, microorganismos solubilizadores de fosfatos, y micorrizas versículo arbusculares (vescicular arbuscular mycorrhyza, VAM) forman parte de un importante componente en sistemas de manejo de nutrientes (Prasad, 2009).